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现行税则对内资企业的工资薪金支出扣除实行计税工资制度，对外资企业实行据实扣除制度，这是造成内、外资企业税负不均的重要原因之一。实施条例的规定统一了企业的工资薪金支出税前扣除政策，有利于构建公平的市场竞争环境。
在职工福利费和工会经费方面，实施条例继续维持了以前的扣除标准，但将“计税工资总额”调整为“工资薪金总额”，扣除额也就相应提高了。在职工教育经费方面，为鼓励企业加强职工教育投入，实施条例规定，除国务院财税主管部门另有规定外，企业发生的职工教育经费支出，不超过工资薪金总额2.5％的部分，准予扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
